מובא בספרים רבים במיוחד בקשר לנסיעותיו לאירופה לטובת ארץ ישראל. היה מעורה בסדרי הכוללים בצפת ודרך חלוקת הכספים לנצרכים. הביא לדפוס בצפת את הספר “אמרי משה” של זקנו ר’ אברהם יוסף משה מהרימלוב. הגאון בעל “שדי חמד” בספרו מביא את רבי יונה ומתארו בתואר “הגאון”.  אשתו שרה, בתו של רבי יחיאל אשר שמואל כהנא-שפירא מירושלים.  נפטר בצפת בשנת תרנ”ד (1894).