נולד בצפת בט”ו באדר תר”כ (1860) לאביו יונה ולאמו שרה (כהנא-שפירא).

התחנך בחדר ובישיבת צפת. בשנתו ה – 27 בחרו בו רבני העדה וראשיה ושלחוהו לאוסטריה לעורר את לב נדיבי עמנו להגביר עזרתם ליהודים יוצאי מלכות אוסטריה. במסעו נפגש עם רבנים, מנהיגים וגדולי הציבור בווינה ובערים רבות והצליח לעוררם לעזרת הסובלים יסורי יישוב ארץ ישראל.

רבי אלעזר יעקב תקע יתד לישוב העברי במירון. קנה שטחי אדמה, יסד שם ישיבה ומושב זקנים, גאל את קברו של יוחנן הסנדלר ועזר לגאול את שרידי בית הכנסת העתיק של מירון הנקרא על שם רבי שמעון בר יוחאי.

במשך שנים רבות עמד בראש בית החולים אטינגר, אולם לא היה מרוצה מדרגת בית החולים הזה כי לפי דעתו היתה צפת היהודית זקוקה וראוייה למוד רפואי משוכלל יותר. לפיכך כשביקר הרב הלונדוני ד”ר גאסטר בצפת, הטעים לו רבי אלעזר יעקב את הצורך בבית חולים חדיש היכול לעמוד בתחרות לעומת בית החולים של המיסיון. כשחזר ד”ר גאסטר ללונדון הצליח להשפיע בעניין זה על הברונית רוטשילד ואכן בנתה בצפת את בית החולים רוטשילד שהוא כיום בית החולים של “הדסה”.   

מעת שנוסדו המושבות בגליל שקד על שלומן וטובתם של תושביהן ולא פעם היה מכתת את רגליו לראש פינה ואפילו עד מטולה כדי ליישב סכסוכים ולהביא שלום בין אדם וחברו.

רבי אלעזר יעקב היה מכובד אף בעיני השלטון ובעת הצורך היה מתייצב לפניהם בשלחות העדה להגנה על ענייניי היהודים.

נפטר בצפת בי”ד מרחשוון תרפ”ה (1925).