נולד בפראג בשנח רצ”ה (1535) לערך. היה מגדולי חכמי התורה בדורו. מסוף המאה ה-  16 תפסה משפחת הורוביץ עמדה חשובה בחיי הקהילה היהודית בקראקא. אחד מחשובי המשפחה היה ר’ פנחס הורוביץ, ששימש שנים רבות כאיש הקהילה בקראקא. בשנת שמ”ה (1585) נבחר לנשיא ועד ארבע ארצות. בפנקס ועד הקהילה בקראקא נמצאת חתימתו משנת שמ”א (1581) ומשנת שנ”א (1591) בזו הלשון: “נאום פנחס הקטן מבית לוי בהר”ב ישראל זלל”ה הירוויטץ”. בשנת 1609 חתם על הסכם ליחסי מסחר עם מועצת העיר קאז’ימיז’. שמו של ר’ פנחס הורוביץ הלך לפניו אף מחוץ לגבולות פולין וכשנשרפה הקהילה היהודית ברומא בשנת שס”ב (1602) פנה שליח מיוחד של קהילת רומא במכתב אישי לר’ פנחס הררוביץ, שיעזור באיסוף כספים לטובת קהילתו.

ר’ ישראל סרוק, מתלמידי האר”י הקדוש, אשר נדד בארצות איטליה, פולין והולנד כדי להפיץ את תורת רבו האר”י, העיד על ר’ פנחס שהייתה לו נשמת בן יאיר (מובא בהקדמת “ילקוט שמעוני” בשם ר’ ישראל סרוק). מספרים שכאשר הגיע תלמיד אחר של האר”י בנדודיו לפולין והזדמן בקראקא לפני ביתו של רבי פנחס וראהו עומד במרפסת אמר: “מה רבי פנחס בן יאיר עושה בפולין?”. מחבר הספר “צמח דוד” כותב עליו ש”היה מופלג

בתורה, בחכמה וזקנה”. רי יום טוב ליפמן הלר, מחבר “תוספות יום טוב” כותב על ר’ פנחס בספר “מגילת איכה” בזו הלשון: “מצאתי באחד הנירות שכתב לזיכרון דברים אשר שמעתי מפי איש גדול מק”ק קראקא היה נשיא בישראל חכם, גדול בתורה ובימים דעלמה ויושב ראש מנהיגי ארבע ארצות שבמלכות פולין, נודע בישראל בשם מוה”ר פנחס בן (נכד) הקצין והראש מו”ה ישעיה סג”ל מפראג ממשפחת הורוביץ”. ובפנקס קהילת קראקא נמצא אודותיו בזו הלשון: “ואת נשמת האשל הגדול הראש והמנהיג הישיש הזקן מוה”ר פנחס סגל בן החבר ר’ ישראל”.

ר’ פנחס חיבר חידושים על התלמוד.  נפטר ביום ל”ז בטבת שע”ח (1618).

אשתו של רבי פנחס, הרבנית מרת מרים בת ר’ ישראל איסרל מקראקא נפטרה ביום ח’ באלול שע”ז (1617) ונקברה ליד קבר אחיה הרמ”א.