רב ור”מ בקהילות בלבוב, אוסטרה ובריסק. בשנים רס”ג-רס”ח (1503-1508) כיהן כראש ישיבה בלבוב. בשנת רס”ח (1508) נתמנה כרב וראש ישיבה באוסטרה, משם נתמנה לאב”ד בקהילת בריסק. משם עלה לארץ-ישראל והיה הרב הראשון לעדת האשכנזים בירושלים ובארץ הקודש.

 בארץ ישראל נפגש עם רבי יצחק לוריא, האר”י, שהיה קרוב של חתנו המהרש”ל. הר”ר חיים ויטאל, תלמידו המובהק של האר”י ז”ל, מזכיר אח הדבר בילקוטי תורה פרשת בהעלותך.  (רבי יצחק לוריא נולד בירושלים בשנת רצ”ב , 1532, ונפטר בצפת בשנת של”ב, 1572.  ר’ חיים ויטאל נולד בצפת בשנת ש”ג, 1543, ונפטר שם בשנת ש”פ, 1620).

רבי קלונימוס עצמו כתב: “נתקבצנו אנו בני ישיבות התורה אשר בירושלים, ביום השלישי, עשרה בכסלו ה’ ש”ח ליצירה” (1547).

 רבי קלונימוס הגיע לזיקנה מופלגת. נפטר בירושלים ונקבר בהר הזיתים.