מגדולי רבני איטליה במאה ה- 16. נולד בפאדובה בשנת רפ”א (1521). כבר בבחרותו הוכר כגדול בתורה. בשנת ש”ו (1546), בהיותו בן עשרים וחמש שנה, נתמנה כחבר בית הדין בוונציה ושמו יצא לתהילה כאחד מגדולי התורה. הוא עמד בחליפת שאלות ותשובות בענייני הלכה עם גדולי חכמי הדור בפולין (המהרש”ל, הרמ”א ועוד) וכמה מתשובותיו נכללות בקובצי חשובותיהם. בשנח שכ”ו (1566), לאחר פטירת אביו המהר”ם מפאדובה (שכ”ה 1565 ), שהיה רב ראשי בכל מדינת ונציה, ירש רבי שמואל את מקומו ונתמנה לאב”ד בוונציה. שם אף עמד בראש ישיבה גדולה שהעמידה תלמידים גדולים בתורה בניהם: ר’ יעקב היילפרין, האחים ר’ יעקב ור’ יקותיאל רפא בני ר’ מנחם הכהן רפא ור’ אבטליון מקונסיליי שהיה רב ברוויגו. תלמידיו העריצוהו ואהבוהו.
ר’ אבטליון הציב את תמונת רבו בבית המדרש ליד מקום מושבו, בבחינת מה שנאמר: “והיו עיניך רואות את מוריך”.
רבי שמואל יהודה היה דרשן מזהיר שהלהיב והגביר אח הנטיה לאגדה,למדרש, למוסר וליסוד הרגש בדת. הוא ירד אל העם ועודד את לבו בדרשות שוות לכל נפש, ששתים- עשרה מהן הכוללות גם הספדים על חכמי ישראל ובניהם על קרובו ר’ משה איסרלש (הרמ”א) הופיעו בדפוס ( ונציה שנ”ד 1594 ) . הוא היה עשיר, עניו וירא חטא.
הביא ראיות על השארות הנפש באמרו: “ראיות אלה ראיתי להביא נגד המתפקרים מקטני אמונה”. בפאדובה ובוונציה ריכז את הנדבות למען עניי ארץ ישראל. בתפקיד זה הוא מוזכר בתעודות מן השנים שנ”ב – שנ”ה (1592-1595). הוא נפטר ביום ו’ בניסן שנ”ז (1597). אשתו, הרבנית מרת אביגיל, נפטרה ביום י’ באייר שנ”ד (1594).
בן דורו של שמואל יהודה, רבי יהודה אריה ממודינא הספידו והעיר על יפי-תוארו בדברים אלה: “כל יודעיו ומכיריו יודעים כי תוארו ומראהו כמראה איש האלוהים נורא מאד וכל שלא ראהו מימיו היה אומר בפגעו בו כי הוא זה” (“מדבר יהודה”, דרשות לדוגמה, דף ס”ג, ונציה שס”ב).
מקצת מתשובותיו פזורות בספר שו”ת “נחלת יעקב” מאת תלמידו רבי יעקב היילפרין ובשו”ת הרמ”א.