נולד בישראל ב- 21 בפברואר 1948.
בנם של יחיאל ורחל פדהצור ונכדו של משה פדהצור.
בנעוריו היה שוער בקבוצת הכדורגל מכבי פתח תקווה ובנבחרת הנוער.
עם גיוסו לצה”ל התנדב לקורס טייס אותו סיים כטייס קרב. בשנת 1992 קיבל תואר דוקטור מהחוג למדעי המדינה באוניברסיטת תל אביב על עבודה שכותרתה “השפעתם של מטבחי החלטה בקביעת מדיניות הביטחון הלאומי: ממשלת אשכול והשטחים, 1967-1969”
הרצה בתוכנית ללימודי ביטחון באוניברסיטה זו ועסק במחקר עבור מרכז יפה למחקרים אסטרטגיים. לימד גם במכללה לביטחון לאומי ובמכללת נתניה שבה ניהל את המרכז לדיאלוג אסטרטגי.
החל משנות ה- 80 פרסם סקירות ומאמרי פובליציסטיקה בעיתון “הארץ” בנושאי צבא וביטחון. בין השאר התנגד לפרויקט הלביא והציג במאמריו עמדה נחרצת נגד הפיתוח וההצטיידות בישראל במערכות טילים נגד טילים (“חץ”, “כיפת ברזל” ו”שרביט כסמים”)
הביע התנגדות גם לתקיפת תוכנית הגרעין האיראנית על ידי חיל האוויר הישראלי. במוסף “הארץ/ספרים” התפרסמה ביקורת ספרות שלו על ספרים העוסקים בביטחון. נמנה עם מגישי התוכנית “רצועת הביטחון” ב”גלי צה”ל).
בנובמבר 1993 שידר ערוץ 2 תחקיר של פדהצור שעסק בביצועיו הכושלים של טיל הפטריוט במלחמת המפרץ. אף שהכתבה אושרה לשידור על ידי הצנזורה, בעקבות שידורה נחקר פדהצור כחשוד בעבירה של החזקת מסמך רשמי כשאינו מוסמך לכך. לאחר שנחקר פעמים רבות, המליצה המשטרה להעמידו לדין בעבירת ריגול חמור, אך כעבור שנה מתחילת החקירה החליטה פרקליטות המדינה על סגירת התיק נגדו מחוסר עניין לציבור.
היה קברניט בחברת התעופה ארקיע.
ראובן פדהצור נהרג בתאונת דרכים סמוך למחלף קיסריה בליל הסדר תשע”ד, 14 באפריל 2014, לאחר שעצר בשולי הכביש עם האופנוע שבו רכב ונדרס על ידי רכב חולף.
הותיר אישה וארבע בנות.
נקבר בבית העלמין האזרחי “מנוחה נכונה” בכפר סבא.
ספריו:
Rearming Israel-Defense Procurement Through the 1990’s – Westview Press, 1991. יחד עם אהרון קליימן
מערכת החץ וההגנה האקטיבית נגד טילים בליסטיים: אתגרים ושאלות, המרכז למחקרים אסטרטגיים, אוניברסיטת תל אביב, 1993.
ניצחון המבוכה: מדיניות ממשלת אשכול בשטחים לאחר מלחמת ששת הימים, יד טבנקין, 1996.